GATE

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N.B :

  • Ce tutoriel explique un exemple d’exécution de l'application GATE sur la grille de calcul.
  • Ce tutoriel est adapté principalement à la VO nationale : magrid
  • L'utilisateur est supposé connecté à l'interface utilisateur (ex: ui2.cnrst.magrid.ma), authentifié (certificat valide) et autorisé (vo magrid).


Sommaire

Description de GATE

GATE (Geant4 Application for Tomographic Emission) est une plateforme de simulation générique basée sur le code GEANT4 et élaborée pour répondre dans un premier temps aux besoins spécifiques de la communauté scientifique dans le domaine des applications SPECT/PET. Son champ d’application peut aussi s’étendre à des applications en radiothérapie et curiethérapie. Cependant, des résultats précis ne peuvent être obtenus avec une telle méthode que si nous générons beaucoup d’événements. Cela nécessite des heures de calcul d’où l’intérêt d’utiliser une infrastructure de grille informatique.

Description des inputs/outputs

L'exemple qu'on se propose d'étudier s'appelle benchSPECT et provient avec les tutoriels de gate.

  • Les inputs seront: benchSPECT.mac et le script exécutable gate.sh.
  • Les outputs seront: benchSPECT.root, benchSPECT.txt et benchSPECT.eps


Récupérer le tag de gate sur le VO magrid

On fait appel au système d'information [1].

[elkharrim@ui2 gate]$ lcg-infosites --vo magrid tag


Le fichier du job: gate.jdl

Fichier: gate.jdl
Executable = "gate.sh";
StdOutput = "std.out";
StdError = "std.err";
InputSandbox = {"gate.sh","benchSPECT.mac","benchSPECT.C"};
OutputSandbox = {"std.err","std.out","benchSPECT.root","benchSPECT.txt","benchSPECT.eps"};
Requirements = Member("VO-magrid-gate_v5.0.1",other.GlueHostApplicationSoftwareRunTimeEnvironment);


Le fichier exécutable: gate.sh

Fichier: gate.sh
#!/bin/bash
source $VO_MAGRID_SW_DIR/setenv_gate_v5.0.1.sh
Gate benchSPECT.mac
root -b benchSPECT.C

Soumettre le job

[2]

Récupérer les résultats du job

[3]

Jobs de longue durée

[4]

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